En octobre 1820 Muḥammad ‘Ali lance ses armées à la conquête du Soudan. En deux ans elles réussissent à soumettre la Nubie le Kordofan et la Djéziré faisant passer sous le contrôle du gouverneur ottoman de l’Égypte un territoire long de 1 200 km que d’autres expéditions en 1834 et 1840 agrandiront encore vers l’est jusqu’à la Mer rouge. C’est l’amorce d’un empire que les successeurs de Muḥammad ‘Ali porteront jusqu’à Gondokoro (4e parallèle nord) et qui fera de l’Égypte pour un temps une surprenante puissance coloniale.
Au-delà de l’aventure militaire la conquête du Soudan a la spécificité de s’être accompagnée d’explorations savantes. On leur doit la découverte de Méroé et de bien d’autres sites de la Nubie antique mais aussi celle des royaumes africains médiévaux ou modernes. Elles livreront donc les premiers travaux d’ethnologie et de linguistique africaine comme elles élargiront la vision que l’on avait de l’Égypte pharaonique.