Les villes de Nantes et Rezé se sont développées de part et d’autre de la Loire, en fond d’estuaire, chacune à la confluence d’une rivière, respectivement l’Erdre et la Sèvre Nantaise. Cette implantation qui ne doit rien au hasard, soulève la question de la relation entretenue entre ces villes et le fleuve, et plus largement le réseau hydrographique ligérien, depuis la genèse des agglomérations antiques jusqu’aux périodes médiévale, moderne et contemporaine. La position des villes est clairement liée à la circulation sur le fleuve dont elles contrôlent le fond d’estuaire, au point de rupture de charge entre les navigations fluviale et maritime. Rezé, et plus particulièrement Nantes, jouent de ce fait, vraisemblablement dès leur origine, un rôle stratégique dans la gestion du trafic fluvio-maritime, mais aussi terrestre via un réseau de voies qui convergent vers un franchissement de la Loire matérialisé par une ligne de ponts dont les archives attestent l’existence depuis au moins le XIIe s.
Le contexte géographique a vraisemblablement été déterminant dans l’implantation des agglomérations, ce que les historiens soulignent depuis longtemps en se référant à quelques sources anciennes, mais cette hypothèse restait malgré tout encore à établir sur le plan scientifique. Il s’agissait alors de comprendre les évolutions du fleuve et des sociétés riveraines en identifiant les éléments anciens du paysage ligérien par une approche interdisciplinaire faisant intervenir les sciences de la terre (îles, chenaux, marais, marnage, salinité, couverture végétale…) et en recherchant les vestiges d’activités humaines et autres aménagements en lien direct avec la Loire grâce des investigations historiques et archéologiques (franchissement, port, enceinte, canal, moulin, pêcherie…).