Ragondins et castors sont, entre autres, des espèces que l’on peut observer sur l’Allier. Quant au peuplement piscicole, il est particulièrement varié (truites, ombres, brochets, …). Néanmoins, la présence de très nombreux barrages sur la Loire, a entraîné la quasi disparition du saumon d’Allier (salmon salar), par absence ou inadaptation des échelles à poissons, baisse du débit et envasement des frayères, baisse du taux d’oxygène dissous, augmentation de la température moyenne, braconnage, etc. Heureusement, des efforts bénévoles nombreux tentent depuis des années la réintroduction de ce poisson mythique, à l’origine d’une tradition culturelle millénaire.\r\nLe Conservatoire national du Saumon Sauvage installé à Chanteuge dans la Haute-Loire participe depuis de nombreuses années à la reproduction artificielle du saumon afin de relâcher des jeunes dans l’Allier et la Loire et fournir les fermes à saumons en Europe.