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Lors d’une expédition en Grèce et nantis des autorisations et de l’encadrement du Conseil Archéologique grec, Cousteau et son équipe entament des recherches sur différents sites d’épaves antiques et modernes. Ils sont assistés des Docteurs Kritzas et Kolonas, deux archéologues. L’expédition de Cousteau intéresse le gouvernement grec car son matériel permet d’explorer des fonds où de simples plongeurs, même expérimentés, ne peuvent aller.  Après avoir observé plusieurs sites le long des côtes continentales, la Calypso met le cap sur Héraklion, capitale de la Crète. En face d’Héraklion, l’île de Dia, où Albert Falco, chef de l’expédition, a déjà plongé vingt ans auparavant. Il se souvient avoir été frappé par un gigantesque «mur d’amphores», sorte de coulure vers les fonds sous-marins.\r\nLes plongées successives et les techniques d’exploration font apparaître, en plus des objets, des pierres taillées. Mais que font-elles si loin de la côte ? Kolonas emmène Cousteau sur les ruines d’une petite cité antique sur les hauteurs de Psira. L’architecture révèle un réel souci de se protéger des tremblements de terre et l’archéologue explique que pour les Grecs, Poséidon le dieu de la Crète, était plus «l’ébranleur de la terre» que le dieu de la mer.