Le 19 mai 1798, Bonaparte est nommé général en chef de l’Armée d’Orient. Le Directoire l’éloigne, pensant s’en débarrasser. 280 navires dont 18 vaisseaux de guerre et 54.000 hommes partent pour l’Egypte combattre les mamelouks. Fait inédit, 168 savants et chercheurs font partie du voyage.
Jouant à cache-cache avec l’escadre anglaise de Nelson, la flotte française conquiert Malte le 11 juin 1798. Reprenant la mer et évitant une nouvelle fois Nelson, les armées françaises débarquent en Egypte le 1er juillet 1798.
Alexandrie est conquise le jour même. La conquête du pays commence. Le 21 juillet 1798, avec en arrière plan les pyramides, l’armée française écrase l’armée mamelouke à quelques kilomètres du Caire. Bonaparte lance sa célèbre phrase : « Soldats, du haut de des pyramides, quarante siècles vous contemplent ». Le lendemain, il fait son entré au Caire.
Cependant, le 1er août 1798, l’amiral Nelson a retrouvé et coulé la flotte française de l’amiral Brueys ancrée dans la baie Aboukir, au Nord-Est d’Alexandrie. 14 des 18 grands vaisseaux français sont coulés. Superbement commandée par Nelson, la flotte anglaise a prouvé sa supériorité.
L’armée française est désormais prisonnière du pays. Bonaparte décide d’organiser et de solidifier le terrain conquis. Desaix pacifie la moyenne et haute Egypte tandis que Bonaparte fortifie le Delta, fait creuser des canaux, créé des hôpitaux et des écoles, et organise le ravitaillement.
Pour se rallier les populations, il n’hésite pas à prôner un islamisme de circonstance. Mais cette tentative ne recueille pas l’adhésion des égyptiens, et particulièrement des chefs religieux.
Le 12 septembre 1798, la Turquie déclare la guerre à la France. Bonaparte entre alors en Syrie pour affronter l’armée ennemie. Il tente alors de fédérer les tribus arabes pour s’opposer aux turcs. Il passe ainsi d’un pro-islamisme qui a échoué à un panarabisme d’opportunité préfigurant en cela Laurence d’Arabie qui tentera la même chose presque 120 ans plus tard.
El Arich, Gaza et Jaffa sont conquises. Devant Saint Jean d’Acre, Bonaparte met le siège mais ne parviendra jamais à prendre la ville. La bataille du mont Thabor, le 15 avril 1799, lui permet de détruire la première armée turque venue en renfort de Syrie.
Mais Bonaparte doit se replier car une autre armée turque a débarqué près d’Alexandrie. La bataille d’Aboukir, le 25 juillet 1799 est une grande victoire française. L’Egypte est sauvée pour un temps. Lors des négociations, Bonaparte découvre que la situation en France est catastrophique.
Bonaparte décide alors de rentrer en France le 23 août 1799. Le pays, en pleine décomposition, financière, politique et morale, attend son sauveur. Il va le trouver le 18 brumaire, en novembre 1799.
Le rêve oriental est terminé. Cependant, le retentissement culturel lié à l’expédition et les travaux de l’Institut d’Egypte, vont avoir un retentissement mondial. Les trésors ramenés en France vont être à l’origine d’une nouvelle Passion : l’égyptologie. La pierre de Rosette, découverte par les français, permettra à Champollion, en 1822, de percer le mystère des hiéroglyphes, énigme millénaire.