Si les études historiques estiment que les derniers Illuminati n’ont pas survécu au-delà du xviiie siècle, la dénomination « Illuminati » reste utilisée comme terme générique dans le folklore du complot, pour synthétiser des théories identifiant comme conspirateurs des groupes divers (francs-maçons, sionistes, CIA, communistes, sociétés secrètes diverses, organisations internationales) et pour désigner, dans le système qui en résulte, le noyau des « maîtres du monde ». Myron Coureval Fagan fut un des premiers propagateurs de ces théories impliquant les Illuminati, s’inspirant des essais de John Thomas Flynn. Pour l’historien Stéphane François, cette théorie du complot « a beaucoup de similitudes avec un autre mythe important : les Protocoles des Sages de Sion, qui seraient le plan écrit d’agitateurs juifs pour asservir le monde. De fait, nous sommes en présence de mythologies contemporaines et de mythes « agglutinants », c’est-à-dire de mythes différents qui s’agrègent et fusionnent entre eux ». Selon le philosophe Philippe Huneman, les Illuminati « sont comme une « superthéorie du complot » qui viendrait toutes les synthétiser. Ils figureraient l’archétype des conspirateurs : leur toute-puissance est à la mesure de leur opacité. Le complot apparaît ici comme pur de tout préjugé : tandis que les conspirationnistes usuels cachent plus ou moins mal des motivations antisémites ou racistes — le complot judéo-bolchévique des années 1930, les complots maçonniques, l’attribution du 11-Septembre à la CIA, etc. —, on ne saurait réduire le complot illuminati à une affaire d’antisémitisme ou d’antiaméricanisme, puisque, justement, les Illuminati n’existent pas. En tant que forme pure de théorie du complot, la légende des Illuminati permet de comprendre ces étranges récits alternatifs dont la présence dans le débat public — avant tout sur Internet — sème le doute sur les faits annoncés par les médias et alimente la méfiance à l’égard des institutions démocratiques ».