Le sentier du GR59 est segmenté en deux parties, la première allant du Ballon d’Alsace (1 247 m) à Lons-le-Saunier dans la limite sud de la région, dans le département du Jura ; et la seconde (GR59b) continuant jusqu’à Yenne, située à 25 kilomètres au Nord-ouest de Chambéry. La première partie du GR59 s’étend sur 356 kilomètres et passe notamment sur la colline de Bourlémont où se trouve la Chapelle Notre-Dame-du-Haut de Ronchamp, Besançon, le mont Poupet, les salines de Salins-les-Bains classées au patrimoine mondial de l’UNESCO, la reculée des Planches, Château-Chalon et la reculée de Baume-les-Messieurs.