Emmenée par des chercheurs du CNRS, une équipe de scientifiques explore la cité maya de Naachtun, découverte en 1922 dans le nord du Guatemala. Les experts tentent de reconstituer la vie de ses habitants en s’intéressant à leur relation avec la jungle environnante. Le documentaire s’intéresse aussi aux cités de Teotihuacán, Tikal, Calakmul, El Mirador, Copán, qui ont été tour à tour les rivales et les alliées de Naachtun.