De la guerre de trente ans au siècle des Lumière, l’Eglise catholique est secouée par le conflit permanent qui oppose les papes et les dignitaires de l’Inquisition. Si les hérésies ne semblent plus au centre des préoccupations, ce sont les savants et les philosophes qui provoquent désormais la réaction des inquisiteurs. Certains ecclésiastiques soutiennent les savants, mais Galilée sera obligé d’abjurer en 1632, malgré le soutien du cardinal jésuite Robert Bellarmin et du pape Urbain VIII.